Το κτίριο A (601-616), αναπτύσσεται στο κεντρικό και ανατολικό τμήμα της νησίδας VIII. Η ανέγερσή του ανάγεται στην κίτρινη οικοδομική φάση του οικισμού (2200-1900 π.Χ.) και σε αυτό αναγνωρίζονται επιπλέον οικοδομικές υποφάσεις, κυρίως προσθήκες και διευθετήσεις ανοιγμάτων και διόδων κυκλοφορίας. Το σύνθετο μεγαροειδές κτήριο αρχικά ανοιγόταν απευθείας σε δημόσιο χώρο, στην πλακόστρωτη πλατεία 103, που συνιστούσε χώρο συναθροίσεων και  κόμβο κυκλοφορίας. Μετά από προσθήκες, το κτήριο διαχωρίστηκε από την ίδια πλατεία και η είσοδος σε αυτό περιορίστηκε από στενό διάδρομο, που οδηγούσε σε λιθόστρωτη αυλή, η οποία κατέληγε στον προθάλαμο του βασικού χώρου διαβίωσης του κτηρίου, το μέγαρο  605. 

Η είσοδος του μεγάρου βρίσκεται στη νότια στενή πλευρά με τη στρόφιγγα της θύρας του να διατηρείται ανέπαφη στο εσωτερικό του και στα δεξιά του εισερχόμενου. Στις δύο γωνίες του διατηρούνται λιθόκτιστες κατασκευές, πάγκοι, ενώ στη βόρεια πλευρά του διατηρεί τμήμα λιθόστρωσης, μη τυπικό δάπεδο στεγασμένου χώρου στην Πολιόχνη, και λίθων, που ίσως αποτελούσαν τμήμα σύνθετης επίπλωσης. Άνοιγμα στα ΒΔ. του μεγάρου διευκόλυνε την πρόσβαση στους υπόλοιπους βοηθητικούς χώρους του κτιρίου, που κατασκευάστηκαν ενιαία με το μέγαρο και στα δυτικά αυτού. Ο χώρος 606 είναι πιθανό να λειτουργούσε ως κλιμακοστάσιο, ενώ οι διαδοχικοί του χώροι, 607 και 608, φιλοξενούσαν τεράστια πιθάρια. Ο νοτιότερος από αυτούς, ο 609, οδηγούσε  εκτός του βασικού κτηρίου, σε στενό, ακάλυπτο διάδρομο και σε μικρά δωμάτια εντός δεύτερης «εσωτερικής» αυλής.

Το κτίριο λάμβανε φωτισμό και αερισμό ανατολικά, από την οδό 105, δυτικά από τον διάδρομο 611 και την εσωτερική αυλή 616 και νότια από την κεντρική αυλή 603, ενώ υπήρχε μέριμνα για την απορροή της στέγης και την γενικότερη αποστράγγιση μέσω λιθόκτιστου αγωγού κατά μήκος του διάδρομου 611 και πιθανή κατάληξη στο πηγάδι της πλατείας 103.

Στην τελευταία του φάση και όπως σώζεται σήμερα το αρχικό κτίριο πλαισιώθηκε με κατασκευές και χώρους που οικειοποιήθηκαν μέρος της πλακόστρωτης πλατείας και της κεντρικής αρτηρίας 105, μειώνοντας τον διαθέσιμο δημόσιο χώρο προς όφελος του ιδιωτικού. Αυτή η διάθεση «καταπάτησης» του δημόσιου χώρου μπορεί να αντανακλά κοινωνικούς μετασχηματισμούς, χαλαρότητα ή εσωστρέφεια, ή  να εκφράζει διάθεση διαχείρισης του διαθέσιμου χώρου με δεδομένο ότι οι ανάγκες σε νέους χώρους αυξήθηκαν, αλλά ο διαθέσιμος χώρος του οικισμού παρέμεινε συγκεκριμένος .

Το κτίριο λόγω της θέσης του στην πλατεία του οικισμού, του μεγέθους, της κατασκευής, αλλά και των ευρημάτων στο εσωτερικό του θεωρείται μια από τις σημαντικότερες κατοικίες της κίτρινης περιόδου (2200-1900 π.Χ.) για την Πολιόχνη. Ένα από τα σπανιότερα ευρήματα της Εποχής του Χαλκού στο Αιγαίο και επομένως και της Πολιόχνης, ο σφραγιδοκύλινδρος βορειο-συριακού τύπου από ελεφαντόδοντο με παράσταση ανθρώπων και ζώων που βρέθηκε εντός αυτού, πιθανότατα ανήκε σε ένοικους του μεγάρου. Αυτού του είδους τα ευρήματα, οι σφραγίδες, θεωρούνται αντικείμενα δηλωτικά κύρους του κατόχου, αλλά και αυθεντικότητας, προέλευσης ή  κτήσης του αντικειμένου που κοσμούσαν. Η συγκεκριμένη σφραγίδα, κατασκευασμένη από υλικό που δεν επιχωριάζει στο νησί, ίσως εισηγμένη ως τελικό προϊόν, αντικείμενο συναλλαγής, ανταλλαγής, δώρο ή κειμήλιο, εγείρει αμέτρητες και ελκυστικές εικασίες για τον ή τους ιδιοκτήτες της.