Το κτήριο A είναι παρόδιο και αναπτύσσεται στο κεντρικό και ανατολικό τμήμα της νησίδας VIII. Η ανέγερσή του ανάγεται περί το 2200-2100/2000 π.Χ. (κίτρινη οικοδομική φάση).

Το σύνθετο μεγαροειδές κτήριο Α αρχικά επικοινωνούσε άμεσα με δημόσιο χώρο και συγκεκριμένα με την πλακόστρωτη πλατεία 103, που ήταν κεντρικός χώρος συναθροίσεων και  κόμβος κυκλοφορίας. Μετά, όμως, από διάφορες προσθήκες, το κτήριο διαχωρίστηκε από την πλατεία και η είσοδος σε αυτό περιορίστηκε από στενό διάδρομο.

Τον βασικό χώρο διαβίωσης του κτηρίου αποτελούσε το μέγαρο 605. Η είσοδος του μεγάρου βρίσκεται στην νότια στενή πλευρά του, με τη στρόφιγγα της θύρας να διατηρείται ανέπαφη. Στις δύο γωνίες διατηρούνται λιθόκτιστοι «πάγκοι», ενώ στη βόρεια πλευρά σώζεται τμήμα λιθόστρωτου, μη τυπικό δάπεδο στεγασμένου χώρου στην Πολιόχνη. Από τα βορειοδυτικά γινόταν η πρόσβαση στους υπόλοιπους, βοηθητικούς χώρους του κτηρίου. Ο χώρος 606 είναι πιθανό να λειτουργούσε ως κλιμακοστάσιο, ενώ οι διαδοχικοί του χώροι φιλοξενούσαν τεράστια πιθάρια.

Το κτήριο φωτιζόταν από την κεντρική οδό 105, δυτικά από τον διάδρομο 611 και την εσωτερική αυλή 616 και νότια από την κεντρική αυλή 603, ενώ υπήρχε μέριμνα για την απορροή της στέγης και την γενικότερη αποστράγγιση μέσω λιθόκτιστου αγωγού κατά μήκος του διάδρομου 611 και πιθανή κατάληξη στο πηγάδι της πλατείας 103.

Το κτίσμα λόγω της θέσης του στην πλατεία του οικισμού, του μεγέθους, της κατασκευής, αλλά και των ευρημάτων στο εσωτερικό του, θεωρείται μια από τις σημαντικότερες κατοικίες της κίτρινης περιόδου (2200-2100/2000 π.Χ.) για την Πολιόχνη. Ένα από τα σπανιότερα ευρήματα της Εποχής του Χαλκού στο Αιγαίο και επομένως και της Πολιόχνης, ο σφραγιδοκύλινδρος βορειο-συριακού τύπου από ελεφαντόδοντο με παράσταση ανθρώπων και ζώων που βρέθηκε εντός αυτού, πιθανότατα ανήκε σε ένοικους του μεγάρου . Αυτού του είδους τα ευρήματα θεωρούνται αντικείμενα δηλωτικά κύρους του κατόχου, αλλά και αυθεντικότητας, προέλευσης ή κτήσης του αντικειμένου που κοσμούσαν. Η συγκεκριμένη σφραγίδα, κατασκευασμένη από υλικό που δεν επιχωριάζει στο νησί, ίσως εισηγμένη ως τελικό προϊόν, αντικείμενο συναλλαγής, ανταλλαγής, δώρο ή κειμήλιο, εγείρει αμέτρητες και ελκυστικές εικασίες για τον ή τους  ιδιοκτήτες της.