Οι δυο επόμενες περίοδοι, ερυθρή (ΠΕΧ ΙΙ/III) και κίτρινη (ΠΕΧ ΙΙΙ) αντιπροσωπεύονται αρχιτεκτονικά από τα ορατά σήμερα κατάλοιπα στη ράχη του λόφου της Πολιόχνης.

Εικ.20α

Εικ.20β

Ο περίβολος επισκευάζεται και ενισχύεται με επιπλέον προμαχώνες, οι κεντρικοί δρόμοι πλακοστρώνονται, τα κοινοτικά κτήρια και οι κοινόχρηστες κατασκευές παραμένουν σε λειτουργία. Το πολεοδομικό σύστημα δεν μεταβάλλεται αλλά εντοπίζεται διαφοροποίηση στην κατασκευαστική τεχνολογία και τον προσανατολισμό των κτηρίων. Ειδικά κατά την κίτρινη περίοδο, κατά την οποία ανοικοδομείται η πόλη μετά από πυρκαγιά, πιθανό αποτέλεσμα σεισμού, η δόμηση είναι αμελέστερη, με τη χρήση αργών ακανόνιστων λίθων και την παρεμβολή άφθονης λάσπης ως συνδετικού υλικού.

Οι αρχιτεκτονικές μορφές είναι τυποποιημένες και η επέκταση των ιδιωτικών κτηρίων γίνεται σε βάρος του δημόσιου χώρου, υποδηλώνοντας μια τάση εσωστρέφειας ή απλά έλλειψης χώρου σε σχέση με τις προηγούμενες περιόδους. Βασική μονάδα κάθε κτηρίου παραμένει το μέγαρο (στενόμακρος ενιαίος χώρος, με είσοδο στη μια στενή πλευρά, συνηθέστερα στη νότια, ανοικτό στην ίδια πλευρά προθάλαμο σε άμεση επικοινωνία με την σχεδόν πάντοτε λιθόστρωτη αυλή και ενίοτε οπισθόδομο) πλαισιωμένο από λοιπούς βοηθητικούς στεγασμένους ή μη χώρους.

Το τέλος της κίτρινης φάσης και την εγκατάλειψη στην Πολιόχνη σηματοδοτεί ένας καταστρεπτικός σεισμός περίπου στο 2000 π.Χ. Μετά από αυτόν ο οικισμός ποτέ δεν αναβίωσε στην έκταση και ένταση των προηγούμενων ετών.